1961年11月，《福州大学学报》创刊。不定期出版。张孤梅书记题写创刊词。组成第1届编委会（组成人员不详）。

1966-1977年，停刊。

1978年，《福州大学学报》复刊，刊发了复刊词。不定期出版。组成第2届编委会，卢嘉锡院士任总编辑。

1982年，《福州大学学报》成为福州大学第一种正式公开出版、发行的学术刊物，季刊。组成第3届编委会，卢嘉锡院士任主编。

1985年，《福州大学学报》更名为《福州大学学报（自然科学版）》。组成第4届编委会，卢嘉锡院士任顾问，黄金陵教授任主编。

1989年，在全国高校学报首次开展的评优活动中获全国高校自然科学学报优秀编辑质量三等奖。成为首批《中国科技论文统计与分析（年度研究报告）》统计源期刊。组成第5届编委会，黄金陵教授任主编。

1990年，使用计算机进行学报编排。

1991年，《福州大学学报（自然科学版）》创刊30周年，卢嘉锡副委员长题词：“‘三十而立’，要继续坚持面向四化，面向世界，面向未来!”。

1993年，《福州大学学报（自然科学版）》改为双月刊。

1994年，组成第6届编委会，钱匡武教授任主编。

1995年，获全国高校优秀自然科学学报二等奖。

1997年，成为《中国科学引文数据库》来源期刊。

1999年，获全国高校优秀自然科学学报一等奖（由教育部颁奖）。成为《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国期刊网》、《万方数据—数字化期刊群》来源期刊。

2000年，实现对学报中插图的计算机编辑、加工、处理。

2001年，组成第7届编委会，魏可镁院士任编委会主任、主编。学报改为A4幅面版本。为纪念学报创刊40周年，整理、编辑、制作、出版了《福州大学学报（自然科学版）·世纪光盘》。光盘收集了《福州大学学报（自然科学版）》自1961年创刊至2000年末出版的所有论文。

2003年，组成第8届编委会，魏可镁院士任编委会顾问，吴敏生教授任编委会主任。顾泉佩编审任主编。

2004年，获中国高校优秀科技期刊一等奖。

2005年，获中国高校科技期刊先进集体奖。

2006、2008、2010年，连续三次被教育部科技司评为中国高校优秀科技期刊。

2011年，获中国高校科技期刊优秀团队奖。

2011年，组成第9届编委会，魏可镁院士任编委会顾问，付贤智院士任编委会主任。